臺灣南部登陸，攻克荷蘭殖民者的巢穴赤嵌城(今安平)。次年，荷蘭總督投降，鄭氏佔領臺灣。
康熙二年（1663年癸卯）
五月詔天下錢糧統歸戶部，部寺應用，俱向戶部領取，著爲令。爲慈和皇太後上尊諡孝康熙慈和莊懿恭惠崇天育聖皇後。奉移世祖梓宮往孝陵，奉安地宮。
康熙三年（1664年甲辰）
四月鰲拜奏內大臣費揚古之子侍衛倭赫擅騎御馬，費揚古怨，被籍家棄市。詔令工部織染局歸內務府。
康熙四年（1665年乙巳）
九月冊立輔臣索尼之孫女赫舍裏氏爲皇後。
十月康熙帝首至南苑校射行圍。
康熙五年（1666年丙午）
十二月鰲拜矯旨殺蘇納海、朱昌祚、王登連。
康熙六年（1667年丁未）
正月封世祖第二子皇兄福全爲裕親王。
六月，索尼病死。
七月，康熙親政。
九月命修《世祖實錄》。康親王傑書議蘇克薩哈罪。十一月冬至，祀天於圜丘，奉世祖章皇帝配享。
康熙十年（1671年辛亥）
正月封世祖第五子常寧爲恭親王。
二月命編纂《孝經衍義》。
康熙十一年（1672年壬子）
二月康熙帝至先農壇首次行耕耤禮。朝日於東郊。
愛新覺羅·胤禔（1672-1734年）出生，是爲皇長子
康熙十二年（1673年癸醜）
正月幸南苑，大閱八旗將士。此後或行大閱於盧溝橋，或玉泉山，或多倫諾爾；地無一定，時間亦不以三年爲限。三藩之亂爆發。
再次禁止虐待奴僕和殉
準格爾部內亂
康熙十三年（1674年甲寅）
五月皇次子胤礽生，皇後崩於坤寧宮，諡號“仁孝皇後”
十二月康熙帝擬前往親征三藩叛亂，王大臣以京師爲根本重地，且太皇太後年事已高，力諫乃止。提督王輔臣陝西策應三藩叛亂，殺經略莫洛。
愛新覺羅胤礽（嫡長子，皇次子）出世
康熙十四年（1675年乙卯）
康熙出巡圖
四月以上諭確立經筵的形式爲侍臣進講，然後皇帝復講，互相討論以達到對經義有所闡發。
十二月冊嫡子胤礽爲皇太子，詔告天下
康熙十五年（1676年丙辰）
正月以建儲上太皇太後、皇太後徽號。因軍需浩繁，民力唯艱，暫停仁孝皇後陵寢建造之工。
十月康熙帝命講官進講《通鑑》。耿精忠勢窮而降，三藩叛域浙、閩、陝漸次平定。
康熙十六年（1677年丁巳）
二月幸南苑行圍。大閱於南苑，命內大臣、大學士、學士諸文臣亦俱披甲。
皇三子愛新覺羅·胤祉出生
康熙十七年（1678年戊午）
正月詔中外臣工各舉博學通才之，以備顧問，由皇帝親試。大學士李霨等舉薦曹溶等71，命赴京齊集請旨。
二月制《四書講疏義序》。皇後鈕祜祿氏崩於坤寧宮，輟朝五日，諡曰孝昭皇
後。
十月三十皇四子胤禛出世即雍正皇帝
康熙十八年（1679年己未）
正月平定三藩之亂已取得階段性勝利，康熙帝御午門宣捷。
□授予噶爾丹博碩克圖汗稱號
康熙十九年（1680年庚申）
四月以學士張英等供奉內廷，日備顧問，下部優恤，高士奇、杜訥均授翰林官。命南書房翰林每日晚講《通鑑》。宗府進《玉牒》。設武英殿造辦處。諭：凡放匠之處，妃、嬪、貴等不許行走，待晚間放匠後方許行走。
康熙二十年（1681年辛酉）
正月增置講官。
平定三藩之亂
愛新覺羅·胤禩(1681-1726)清康熙帝第八子生
康熙二十一年（1682年壬戌）
正月上元節，賜羣臣宴，觀燈，用柏梁體賦詩。上爲制《昇平嘉宴詩序》，刊石於翰林院。
康熙二十二年（1683年癸亥）
二月康熙帝初次幸五臺山。
五月設漢軍火器營。
愛新覺羅·胤禟（1683-1726），清康熙帝的第九子生。愛新覺羅·胤礻，清康熙帝第十子生。
康熙二十三年（1684年甲子）
正月命整肅朝會禮儀。首次纂修《大清會典》，自崇德元年至康熙二十五年。
二月以薩克素兵臨雅克薩。
四月諭講官，講章以精明晰爲尚，毋取繁衍。
政治
立儲緣由
1前朝歷史教訓
康熙帝的曾祖父努爾哈赤、祖父皇太極臨死之前都沒有公開確定並宣佈皇位繼承，努爾哈赤死後由八旗旗主公推新汗，皇太極死後由實力較強的諸王、大臣議立新君。由此引起爭奪大位的事件，幾乎兵戎相見，使政權瀕於分裂的危險。
2皇族旗權矛盾
皇權是指皇帝的權力，旗權是指八旗貴族的權力，二者有統一、也有矛盾。天命末、崇德末的皇位繼承，旗權佔主導地位。順治朝由諸王、大臣議立新君的制度開始發生變化。順治帝24歲病逝前，想不遵祖制，以從兄弟爲繼承。但他的願望沒有實現。最後由順治帝與孝莊太後、諸王、大臣等商量，決定由皇三子玄燁來繼承皇位，四大臣索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆（鑲藍旗）、鰲拜（鑲黃旗）輔政，皇權與旗權取得了折衷。康熙帝立皇太子，爲的是強化皇權，削弱旗權。
3學習漢經驗
康熙帝學習並接受儒家經典，研究中原歷朝統治經驗，深悉預立儲君有利於皇權的連續性與穩固性，是鞏固清王朝統治的頭等政治大事。他開始接受歷代皇位繼承的經驗，特別是明王朝皇位嫡長制繼承皇位的歷史傳統。
4平定叛亂所需
當時發生“三藩”之亂，僞託“朱三太子”反清復明，以之爲號召聚衆起義，使康熙帝看到“太子”威力之大。他命殺掉吳三桂唯一的兒子、北京做質的額駙吳應熊，以喪其志，絕其望；同時，自己也立皇太子，以爲身後預作準備，並有壯大聲勢、穩定心、加強皇權、鞏固統治的作用。
5特殊原因
皇太子胤礽的生母是皇後赫舍裏氏，出身顯赫，她的爺爺索尼是輔政大臣、一等公，她的父親噶布喇是康熙的領侍衛內大臣，她的叔叔索額圖則官至大學士。赫舍裏氏12歲嫁給玄燁，兩恩愛，但不幸生育胤礽時因難產而死，年僅22歲。康熙帝與這位早逝的皇後感情很深。舉個例子：康熙十三年（1674年）五月初五日，赫舍裏氏去世後第三天，梓宮遷於紫禁城西，直到二十七日，康熙帝幾乎每天都去舉哀；後來他親自將梓宮送往昌平鞏華城，從六月到十二月，他去鞏華城34次，第二年又去了24次，第三年去了15次。有學者統計，從康熙十三年到十六年，他一共去了80次。這四年裏，每逢臘月二十九，他都去鞏華城陪伴亡靈。母因子死，子以母貴。康熙帝對這位嫡子格外關愛，決定改變曾祖父、祖父、父親三代皇位繼承製度，而實行皇位嫡繼承製，預立胤礽爲儲君。
立儲失敗的原因
作爲一代聖主的康熙帝爲什麼處理不好儲位繼承的問題？
1皇帝與儲君的矛盾
一、沒有處理好皇帝與儲君的矛盾。當時處於八和碩貝勒共治國政向中央集權過渡時期，預立儲君，包括皇帝、滿洲貴族和儲君本都一時無法適應這種新的情況。比如，實行儲君制度，就應當堅持儲君不御政。皇太子御政，必然引發皇太子與皇帝的權力衝突。皇太子御政，必然從中植成黨羽，與皇權相爭。康熙帝一方面改革前代的皇位繼承製度，建立儲君；另一方面又讓太子領兵從政，派皇太子和其他皇子參與各種軍政事務，其本意是鍛鍊和培養皇子，讓他們爲國家建功立業。皇太子權勢的增長侵犯和威脅了皇權。無形中朝廷裏似乎要出現兩個中心，至高無上的皇權受到侵犯。康熙帝事與願違，陷入旋渦，遭到失敗。
2太子與皇子的矛盾
第二，沒有處理好太子與皇子的矛盾。明帝國諸王“列爵而不臨民、食祿而不治事”，清朝諸王“內襄政本、外領師幹”，這樣太子與皇子便發生矛盾。康熙帝本意是培養教育皇子，卻使他們增長了對權力與財富的**。這不依康熙帝的意志爲轉移，也不是皇太子主觀意志所決定的。諸皇子成之後，賜封世爵，分撥口，建立府第，設置官署，對內臨政，對外領兵。各自所屬員又“各庇護其主”，甚而糾集黨羽。這本身就容易與皇權產生某種矛盾。如果設立皇太子，其地位高於諸王，近於皇帝，又必然爲諸皇子所不容，使矛盾更趨複雜。康熙帝兩立兩廢皇太子，既是皇帝與儲君矛盾，也是太子與皇子矛盾尖銳化的集中表現。
軍事
收復臺灣，開府設縣
初步形成了剿撫並用的方針，即“亂則聲討，治則撫綏”（《清聖祖實錄》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰憑天道，俯愜情，以萬不得已而用兵”（《御製親征平定朔漠方略序》）。康熙認爲：“帝王治天下自有本原，不專恃險阻”，“守國之道惟修德安民，民心悅則邦本得，而邊境自固，所謂衆志成城者是也”（《清聖祖實錄》卷151，康熙三十年五月丙午）。爲了維護祖國統一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅爲福建水師提督，收復了臺灣。康熙二十三年（1684年），清政府臺灣設一府（臺灣府）三縣，即臺灣縣（今臺南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），隸福建省，並臺灣設巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千。澎湖設副將一員，兵二千。從而加強了中央對臺灣的管轄，促進了臺灣經濟文化的發展。
平定準噶爾叛亂
清初，西北方居住的蒙古分爲漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分爲扎薩克圖、土謝圖、車臣等三部漠西厄魯特蒙古內部又分爲準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關係密切。
噶爾丹起兵被粉碎以後，喀爾喀蒙古各部又回到了原來的居住地。清政府的幫助下，噶爾丹暫時退兵。
玄燁設置將軍和參贊大臣率兵駐守科布多和烏蘇雅臺等重鎮，加強了對喀爾喀蒙古各部的管理和統治。
諡號：合天弘運文武睿哲恭儉寬裕孝敬誠信功德大成仁皇帝，簡稱仁皇帝。詔令工部織染局歸內務府。